Joomla Webseite plötzlich 404 Fehlermeldungen

Hallo Zusammen

Ich habe nun eine Webseite von Joomla 1.5 auf 2.5 portiert und auf dem Server neben der 1.5 Hochgeladen, damit vorerst beide nebeneinander laufen.
Das hat jetzt eine Woche lang auch gut funktioniert, aber plötzlich werden die Unterseiten der alten Page nicht mehr gefunden, nur noch die Startseite ist erreichbar.
Ich habe die neue Seite in einem separaten Verzeichnis installiert, welches sich allerdings im Hauptverzeichnis der alten Joomlaseite befindet. Die Datenbankpräfixe sind definitiv unterschiedlich.
Kann die Position des Verzeichnisses diese Fehler nach nun rund einer Woche hervorrufen?
Die URL der einzelnen Unterseiten ist weiterhin korrekt.

EDIT: Ich habe das Problem nun gefunden. Aus irgend einem Grund ist die .htaccess Datei verschwunden.
Nun eine andere Frage: Kann es sein, dass sich die beiden .htaccess der Webseiten sich gegenseitig stören und so vom Server oder Joomla selbst entfernt werden?

Gruss Roman

Also ich versuch das mal so zu erklären

z.B:
httpdocs (root webseiten ebene)/.htaccess (die hat alle MACHT auf alle Unterverzeichnisse)
httpdocs/joomla15/.htaccess (hier werden nur Ordnerspezifischeänderungen wie Passwortschutz vorgenommen.)

Ich hoffe das war verständlich.